Navazující magisterské studium je určeno především absolventům bakalářského studia geologie, hornictví a geografie. Studium v magisterském stupni je zaměřeno na získání hlubších znalostí z oblasti aplikované geologie. Na základní studium navazuje odborná profilace umožněná výběrem příslušných volitelných předmětů. Studentům jsou nabízeny doporučené skladby volitelných předmětů, vycházející z předpokládaných vývojových trendů a potřeb národního hospodářství. Student může získat specializaci z oblasti hydrogeologie, inženýrské geologie, aplikované mineralogie a petrografie, geochemie životního prostředí, ložiskové geologie a aplikované geofyziky.