Navazující magisterský program se dělí na dvě specializace a je určen pro absolventy technických i přírodovědných programů. Absolventi specializace Aplikovaná matematika jsou schopni díky znalosti vztahů a souvislostí mezi jednotlivými odvětvími matematiky (především numerické analýzy, statistiky a diskrétní matematiky) nacházet u praktických problémů jejich matematickou strukturu a na jejím základě vytvářet a následně řešit příslušné matematické modely. Absolventi specializace Výpočetní metody a HPC jsou více orientováni na efektivní (paralelní) implementaci matematických metod a na využití moderních architektur počítačů, a to včetně superpočítačů.