Magisterský studijní program Biomedicínské inženýrství je dvouletý studijní program, který je akreditován současně na ministerstva školství a také na ministerstvu zdravotnictví. Absolventi se po úspěšném absolvování stávají elektrotechnickým inženýrem a také zdravotnickým nelékařský pracovníkem.
Studijní program zahrnuje vzdělání inženýrské a medicínské. Zájemci o studium se mohou hlásit jak z bakalářských programů biomedicínská technika a také i z jiných elektrotechnických nebo zdravotnických programů. Podle absolvovaného bakalářského typu studia si následně studenti volí povinně volitelné předměty, tak aby měli kvalitní znalosti biomedicínského inženýra po jeho úspěšném absolvování. Absolventi nacházejí výborné uplatnění jednak v klinické praxi, případně elektrotechnických firmách.