PŘEDNÁŠKA
1. Přehled využití molekulárního modelování na konkrétních významných publikací, s důrazem na state-of-the-art přístupy.
2. Počítačové simulace vs. experiment. Stavba modelů, interpretace dat, validace výsledků.
3. Klasické modely: Molekulová mechanika. Koncept silového pole, příspěvky do silového pole, vazebné a nevazebné interakce, parametrizace.
4. Klasické dynamika: Pohybové rovnice a jejich integrování, koncept barostatů, termostatů, periodických okrajových podmínek, kroky k úspěšnému nastavení molekulově dynamické simulace, simulační protokoly.
5. Úvod do modelování z prvotních principů.
6. Úvod do semiempirických metod.
PRAKTICKÁ ČÁST
1. Stavba a vizualizace molekulových struktur chemických a biologických systémů s použitím nejčastěji využívaných programů. Formáty zápisu souřadnic systému, topologie molekuly.
2. Krátká simulace molekulové dynamiky chemických/biologických systémů.
3. Výpočet plochy potenciální energie malých systémů. Optimalizace vs. single point výpočty.
4. Adsorpce molekul na povrchu nízko-dimenzionálních struktur.
5. Mezimolekulové komplexy – stabilita, interakční energie, samo-uspořádávání.
6. Výpočet frekvencí a termodynamických veličin.
7. Modelování spekter molekulových systémů (UV-Vis, CD, ...).
1. Přehled využití molekulárního modelování na konkrétních významných publikací, s důrazem na state-of-the-art přístupy.
2. Počítačové simulace vs. experiment. Stavba modelů, interpretace dat, validace výsledků.
3. Klasické modely: Molekulová mechanika. Koncept silového pole, příspěvky do silového pole, vazebné a nevazebné interakce, parametrizace.
4. Klasické dynamika: Pohybové rovnice a jejich integrování, koncept barostatů, termostatů, periodických okrajových podmínek, kroky k úspěšnému nastavení molekulově dynamické simulace, simulační protokoly.
5. Úvod do modelování z prvotních principů.
6. Úvod do semiempirických metod.
PRAKTICKÁ ČÁST
1. Stavba a vizualizace molekulových struktur chemických a biologických systémů s použitím nejčastěji využívaných programů. Formáty zápisu souřadnic systému, topologie molekuly.
2. Krátká simulace molekulové dynamiky chemických/biologických systémů.
3. Výpočet plochy potenciální energie malých systémů. Optimalizace vs. single point výpočty.
4. Adsorpce molekul na povrchu nízko-dimenzionálních struktur.
5. Mezimolekulové komplexy – stabilita, interakční energie, samo-uspořádávání.
6. Výpočet frekvencí a termodynamických veličin.
7. Modelování spekter molekulových systémů (UV-Vis, CD, ...).