Přeskočit na hlavní obsah
Přeskočit hlavičku

Biologicky inspirované algoritmy

Typ studia navazující magisterské
Jazyk výuky čeština
Kód 460-4086/01
Zkratka BIA
Název předmětu česky Biologicky inspirované algoritmy
Název předmětu anglicky Biologically Inspired Algorithms
Kreditů 4
Garantující katedra Katedra informatiky
Garant předmětu prof. Ing. Ivan Zelinka, Ph.D.

Subject syllabus

Přednášky:
1.Současný stav na poli softcomputingu, fuzzy logika, neuronové sítě, evoluční výpočetní techniky (EVT). Klasifikace evolučních výpočetních technik,historická fakta, současné trendy na poli EVT. Centrální dogma EVT podle Darwina a Mendela.
2. No Free Lunch teorém. Výpočetní složitost a fyzikální limity algoritmů.
3. Omezení kladená na účelovou funkci a parametry jedince. Penalizace a její dopad na geometrii účelové funkce. Práce s reálnými, celočíselnými a diskrétními hodnotami parametrů jedince.
4. Testovací benchmark funkce.
5. Víceúčelová optimalizace a Paretova množina.
Kritické situace v běhu algoritmu a jejich řešení.
6. Slepé hledání a horolezecký algoritmus.
7. Genetické algoritmy. Terminologie GA. Princip činnosti, Hybridná GA, messy GA, paralelní GA, migrační a difůzní model.
8. Evoluční strategie. Dvoučlenné ES: (1+1)-ES. Vícečlenné ES: (μ+λ)-ES a (μ, λ)-ES. Vícečlenné ES: (μ+λ)-ES a (μ, λ)-ES. Adaptivní ES.
9. Rojení částic (Particle swarm). Rozptýlené hledání (Scatter Search). Optimalizace mravenčí kolonií (AntColony Optimization).
10.SOMA : SamoOrganizující se Migrační Algoritmus, princip činnosti a použité strategie algoritmu: ATO, ATR, ATA a ATAA.
11. Diferenciální evoluce, princip činnosti a použité verze: DE/best/1/exp, DE/rand/1/exp, DE/rand-to-best/1/exp, DE/best/2/exp, DE/rand/2/exp, DE/best/1/bin, DE/rand/1/bin, DE/rand-to-best/1/bin, DE/best/2/bin, DE/rand/2/bin. SOMA, DE a permutační testovací problémy.
12. Swarm inteligence (SI). Základní pojmy a definice, reprezentativní algoritmy SI - particle swarm, scatter search, ant colony optimization, swarm robotic, umělá evoluce komplexních systémů.
13. Techniky symbolické regrese: genetické programování, gramatická evoluce. Alternativy: analytické programování, Probabilistic Incremental Program Evolution – PIPE, Gene Expression Programming, Multiexpression Programming a další.


Cvičení (na PC učebnách):
V cvičeních bude kladen důraz na praktickou aplikaci probíraných technik a řešení vybraných vzorových problémů.
• Implementace vybraných benchmark funkcí (optimalizačních problémů)
• Implementace Slepého algoritmu a Horolezeckého algoritmu
• Implementace Genetického algoritmu a jeho aplikace na problém obchodního cestujícího (TSP)
• Implementace Diferenciální evoluce
• Implementace Evolučních strategií
• Implementace algoritmu Rojení částic (Particle Swarm Optimization) s využitím setrvačnosti
• Implementace Samo-organizujícího se Migračního Algoritmu (SOMA), porovnání chování algoritmů SOMA a PSO
• Implementace Světluškového algoritmu (Firefly algorithm)
• Implementace algoritmu Optimalizace pomocí mravenčích kolonií (ACO) a jeho aplikace na problém obchodního cestujícího. Porovnání ACO a GA z hlediska rychlosti konvergence a přesnosti výsledného řešení
• Optimalizace založená na principu vzdělávání (Teaching-learning based algorithm)
• Víceúčelová optimalizace. Implementace algoritmu NSGA II (Non-dominated Sorting Genetic Algorithm)

Literature

1. Zelinka I., Oplatková Z., Šeda M., Ošmera P., Včelař F., Evoluční výpočetní
techniky, principy a aplikace, BEN, 2008, Praha
2. Kvasnička V., Pospíchal J., Tiňo P., Evolučné algoritmy, STU Bralislava, ISBN
80-227-1377-5, 2000
3. Zelinka I., Včelař F., Čandík M., Fraktální geometrie – principy a aplikace, BEN, 2006, 160 p., ISBN 80-7300-191-8
4. Back, T., Fogel, B., Michalewicz, Z.: Handbook of Evolutionary Computation, Institute of Physics, London
5. Davis L. 1996, Handbook of Genetic Algorithms, International Thomson Computer Press, ISBN 1850328250 
6. Koza J.R. 1998, Genetic Programming, MIT Press, ISBN 0-262-11189-6 
7. Price,K.,Storn,R.,etal.:DifferentialEvolution-APracticalApproachtoGlobalOptimization. Springer, Heidelberg

Advised literature

8. Mařík V. Štěpánková O., Lažanský J., Umělá inteligence IV, Academia, Praha,
ISBN 80-200-1044-0, 2004
9. Mařík V. Štěpánková O., Lažanský J., Umělá inteligence III, Academia, Praha,
ISBN 80-200-0472-6, 2001
10. Ilachinsky A., Cellular Automata: A Discrete Universe, World Scientific Publishing,
ISBN 978-9812381835 , 2001
11. Hilborn R.C.1994, Chaos and Nonlinear Dynamics, Oxford University Press, ISBN 0-19-508816-8 , 1994
12. Gheorghe Paun (Author), Grzegorz Rozenberg (Author), Arto Salomaa, DNA
Computing: New Computing Paradigms, Springer, ISBN 978-3540641964