Přeskočit na hlavní obsah
Přeskočit hlavičku

Biologicky inspirované algoritmy

Typ studia navazující magisterské
Jazyk výuky angličtina
Kód 460-4086/02
Zkratka BIA
Název předmětu česky Biologicky inspirované algoritmy
Název předmětu anglicky Biologically Inspired Algorithms
Kreditů 4
Garantující katedra Katedra informatiky
Garant předmětu doc. Ing. Lenka Skanderová, Ph.D.

Subject syllabus

Přednášky:
- Stručný úvod do historie evolučních algoritmů a metaheuristik. Klasifikace metaheuristik na základě jejich principu. Druhy optimalizačních problémů (globální, kombinatorická, víceúčelová optimalizace). Účelová funkce, omezení. Prostor vhodných řešení. Základní názvosloví.
- Algoritmy lokálního prohledávání: Horolezecký algoritmus (Hill Climbing), Tabu search, Simulované žíhání. Uváznutí v lokálním extrému a metody řešení.
- Diferenciální evoluce: princip a její užití v globální optimalizaci. Aktuální varianty diferenciální evoluce s ohledem na využití algoritmu pro řešení reálných optimalizačních úloh. Trendy pro vylepšení základních algoritmů.
- Rojení částic (Particle swarm) a Samoorganizující migrační algoritmus (SOMA) a jejich aktuální varianty. Trendy pro vylepšení základních algoritmů.
- Kombinatorická optimalizace: Knapsack, Travelling salesman problem, Vehicle routing problem. Řešení vybraných problémů pomocí genetického algoritmu.
- Kombinatorická optimalizace a algoritmus mravenčích kolonií.
- Víceúčelová optimalizace, Paretova množina, Paretova hranice. Algoritmus NSGA II a jeho aktuální varianty.
- Optimalizace s omezeními. Lehká (soft) vs. těžká (hard) omezení. Způsob ohodnocení jedince. Nurse schedulling problem. Využití biologicky inspirovaných algoritmů pro řešení vybraných problémů.
- Evoluční strategie: základní princip. Evoluční strategie s využitím kovariační matice (CMA-ES) v optimalizaci s omezeními.
- Dynamická optimalizace s omezeními. Využití biologicky inspirovaných algoritmů vs.jiné optimalizační metody s ohledem na efektivitu algoritmů.
- Optimalizace problémů s vysokým počtem dimenzí (large-scale optimalization). Prokletí dimenzionality.
- Paralelizace biologicky inspirovaných algoritmů.
- Způsoby porovnání algoritmů (statistické porovnání algoritmů). No free lunch teorém.

Cvičení (na PC učebnách):
- Globální optimalizace, vybrané problémy. Společný základ pro biologicky inspirované algoritmy. Jedinec, popupace, generace. Způsoby ukončení algoritmu.
- Horolezecký algoritmus, Tabu search, simulované žíhání v globální optimalizaci. Role normálního a uniformního rozdělení v biologicky inspirovaných algoritmech.
- Diferenciální evoluce a její verze aplikované na problémy globální optimalizace.
- Implementace algoritmu rojení částic (PSO) a Samoorganizujícího migračního algoritmu (SOMA) a jejich aplikace na problémy globální optimalizace.
- Genetický algoritmus a jeho využití v kombinatorické optimalizaci (Knapsack, Travelling salesman, Vehicle routing problém).
- Algoritmus mravenčích kolonií a jeho aplikace na vybrané kombinatorické úlohy.
- Víceúčelová optimalizace (vybrané problémy) a algoritmus NSGA II.
- Využití biologicky inspirovaných algoritmů pro optimalizaci s omezeními. Nurse schedulling problem.
- CMA-ES a její využití v optimalizaci s omezeními.
- Dynamická optimalizace s omezeními - aplikace vybraných algoritmů (diferenciální evoluce, rojení částic, SOMA) na vybrané problémy.
- Problémy s vysokým počtem dimenzí a jejich řešení pomocí biologicky inspirovaných algoritmů.
- Paralelizace biologicky inspirovaných algoritmů.
- Statistické srovnání biologicky inspirovaných algoritmů.

Literature

[1] Scardua, L. A. (2021). Applied evolutionary algorithms for engineers using python. CRC Press.
[2] Moriarity, Sean. "Genetic Algorithms in Elixir: Solve Problems Using Evolution." (2021): 1-230.
[3] Kochenderfer, M. J., & Wheeler, T. A. (2019). Algorithms for optimization. Mit Press.
[4] Abualigah, L. (Ed.). (2024). Metaheuristic Optimization Algorithms: optimizers, analysis, and applications. Elsevier.

Advised literature

[1] Zelinka I., Oplatková Z., Šeda M., Ošmera P., Včelař F., Evoluční výpočetní
techniky, principy a aplikace, BEN, 2008, Praha
[2] Kvasnička V., Pospíchal J., Tiňo P., Evolučné algoritmy, STU Bralislava, ISBN
80-227-1377-5, 2000
3. Zelinka I., Včelař F., Čandík M., Fraktální geometrie – principy a aplikace, BEN, 2006, 160 p., ISBN 80-7300-191-8
[3] Back, T., Fogel, B., Michalewicz, Z.: Handbook of Evolutionary Computation, Institute of Physics, London
[4] Davis L. 1996, Handbook of Genetic Algorithms, International Thomson Computer Press, ISBN 1850328250