Základní materiály jsou dostupné na webu pedagoga: (https://homel.vsb.cz/~vas218/bio)
Vybrané studijní materiály jsou zveřejněny na portále e-výuka (https://www.vsb.cz/e-vyuka/cs/subject/460-4175/01/edison).
Bioinformatika
| Typ studia | navazující magisterské |
|---|---|
| Jazyk výuky | čeština |
| Kód | 460-4175/01 |
| Zkratka | BI |
| Název předmětu česky | Bioinformatika |
| Název předmětu anglicky | Bioinformatics |
| Kreditů | 4 |
| Garantující katedra | Katedra informatiky |
| Garant předmětu | Ing. Michal Vašinek, Ph.D. |
Osnova předmětu
Přednášky
- Seznámení s pojmy z molekulární biologie
- Podobnost sekvencí a vzdálenosti
- Indexace a vyhledávání
- Alignment
- Principy technologií v analýze biologických dat
- Sestavení genomu
- Detekce variant
- Exprese genů
- Analýza multiomics a multimodálních dat
- Aplikace metod umělé inteligence v bioinformatice
- Pangenomy a grafové reference
- Algoritmy v regulační genomice a epigenomice
Cvičení
- Procvičení základních pojmů pro práci s DNA/RNA/proteiny
- Implementace metod měření podobnosti a jejich aplikace
- Implementace FM-Indexu pro indexaci referečních sekvence
- Implementace mapování DNA sekvencí na referenční sekvence
- Seznámení se s výstupy různých technologíí pro analýzu biomedicínských dat
- Implementace algoritmů pro sestavení genomu
- Implementace Bayesovského modelu pro detekci variant
- Zpracování transkriptomických dat
- Sestavení modelů prediktivní umělé intelligence pro analýzu multiomics a multimodálních dat
- Sestavení modelů generativní umělé intelligence pro tvorbu syntetických biologických dat
- Implementace algoritmů pro mapování DNA sekvencí na pan-grafové genomy
- Seznámení se s metodami pro analýzu regulačních oblastí DNA
- Seznámení s pojmy z molekulární biologie
- Podobnost sekvencí a vzdálenosti
- Indexace a vyhledávání
- Alignment
- Principy technologií v analýze biologických dat
- Sestavení genomu
- Detekce variant
- Exprese genů
- Analýza multiomics a multimodálních dat
- Aplikace metod umělé inteligence v bioinformatice
- Pangenomy a grafové reference
- Algoritmy v regulační genomice a epigenomice
Cvičení
- Procvičení základních pojmů pro práci s DNA/RNA/proteiny
- Implementace metod měření podobnosti a jejich aplikace
- Implementace FM-Indexu pro indexaci referečních sekvence
- Implementace mapování DNA sekvencí na referenční sekvence
- Seznámení se s výstupy různých technologíí pro analýzu biomedicínských dat
- Implementace algoritmů pro sestavení genomu
- Implementace Bayesovského modelu pro detekci variant
- Zpracování transkriptomických dat
- Sestavení modelů prediktivní umělé intelligence pro analýzu multiomics a multimodálních dat
- Sestavení modelů generativní umělé intelligence pro tvorbu syntetických biologických dat
- Implementace algoritmů pro mapování DNA sekvencí na pan-grafové genomy
- Seznámení se s metodami pro analýzu regulačních oblastí DNA
E-learning
Povinná literatura
[1] Phillip Compeau, Pavel Pevzner, Bioinformatics Algorithms 3rd Edition, Active Learning Publishers, 2018
[2] Arthur Lesk, Introduction to Bioinformatics 5th Edition, Oxford Universitz Press, 2019
[3] Susan Holmes and Wolfgang Huber, Modern Statistics for Modern Biology, Cambridge University Press, 2019
[4] Vince Buffalo, Bioinformatics Data Skills, O’Reilly, 2015
[2] Arthur Lesk, Introduction to Bioinformatics 5th Edition, Oxford Universitz Press, 2019
[3] Susan Holmes and Wolfgang Huber, Modern Statistics for Modern Biology, Cambridge University Press, 2019
[4] Vince Buffalo, Bioinformatics Data Skills, O’Reilly, 2015
Doporučená literatura
[1] Shai Ben-David, Artificial Intellgience for Medicine, Academic Press, 2024