[1] Phillip Compeau, Pavel Pevzner, Bioinformatics Algorithms 3rd Edition, Active Learning Publishers, 2018
[2] Arthur Lesk, Introduction to Bioinformatics 5th Edition, Oxford Universitz Press, 2019
[3] Susan Holmes and Wolfgang Huber, Modern Statistics for Modern Biology, Cambridge University Press, 2019
[4] Vince Buffalo, Bioinformatics Data Skills, O’Reilly, 2015
Bioinformatika
| Jazyk výuky | angličtina, čeština |
|---|---|
| Kód | 460-4175 |
| Zkratka | BI |
| Název předmětu česky | Bioinformatika |
| Název předmětu anglicky | Bioinformatics |
| Garantující katedra | Katedra informatiky |
| Garant předmětu | Ing. Michal Vašinek, Ph.D. |
Anotace
Po absolvování předmětu student dokáže vysvětlit klíčové pojmy moderní bioinformatiky, je schopen vybrat vhodné algoritmy pro měření podobnosti, indexaci a alignment sekvencí, a umí je aplikovat na reálná DNA/RNA data. Dokáže analyzovat kvalitu dat, interpretovat a srovnat výstupy různých nástrojů, odlišit typy sekvenačních technologií a vysvětlit jejich limity. Umí navrhnout a sestavit základní bioinformatickou pipeline, experimentovat s parametry, vyhodnotit výsledky a zdůvodnit zvolený postup. Dále dokáže algoritmicky určit strukturní varianty, analyzovat expresi genů a integrovat multi-omics data, tak aby byl schopen určit další kroky analýzy.
Povinná literatura
Doporučená literatura
[1] Shai Ben-David, Artificial Intellgience for Medicine, Academic Press, 2024