Algoritmy pro bioinformatiku
| Typ studia | doktorské |
|---|---|
| Jazyk výuky | čeština |
| Kód | 460-6025/01 |
| Zkratka | ABI |
| Název předmětu česky | Algoritmy pro bioinformatiku |
| Název předmětu anglicky | Algorithms for Bioinformatics |
| Kreditů | 10 |
| Garantující katedra | Katedra informatiky |
| Garant předmětu | prof. RNDr. Václav Snášel, CSc. |
Osnova předmětu
• Podobnost sekvencí
• Suffixové stromy
• Zarovnání genomu a sladění více sekvencí
• Vyhledávání databází
• Rekonstrukce a srovnání fylogeneze
• Přeskupení genomu
• Hledání motivů
• Predikce sekundární struktury RNA
• Sekvenování peptidů
• Genetika populace
• BAM, BLAST a BLAT algoritmy
• Assembly, paired-end scaffolding algoritmy
• Suffixové stromy
• Zarovnání genomu a sladění více sekvencí
• Vyhledávání databází
• Rekonstrukce a srovnání fylogeneze
• Přeskupení genomu
• Hledání motivů
• Predikce sekundární struktury RNA
• Sekvenování peptidů
• Genetika populace
• BAM, BLAST a BLAT algoritmy
• Assembly, paired-end scaffolding algoritmy
E-learning
Konzultace prostřednictvím MS Teams.
Povinná literatura
• Sung, W. K. (2009). Algorithms in bioinformatics: A practical introduction. CRC Press.
• Compeau, Phillip, and Pavel Pevzner. Bioinformatics algorithms: an active learning approach. Vol. 1. La Jolla: Active Learning Publishers, 2015.
• Zvelebil, Marketa J., and Jeremy O. Baum. Understanding bioinformatics. Garland Science, 2007.
• Compeau, Phillip, and Pavel Pevzner. Bioinformatics algorithms: an active learning approach. Vol. 1. La Jolla: Active Learning Publishers, 2015.
• Zvelebil, Marketa J., and Jeremy O. Baum. Understanding bioinformatics. Garland Science, 2007.
Doporučená literatura
• M. Dorigo, T. Stützle, Ant Colony Optimization, MIT Press, Cambridge, MA, 2004.
• A. Engelbrecht, Computational Intelligence: An Introduction, 2nd Edition, Wiley, New York, NY, USA, 2007.
• A. Engelbrecht, Computational Intelligence: An Introduction, 2nd Edition, Wiley, New York, NY, USA, 2007.