Algoritmy pro bioinformatiku

Typ studia	doktorské
Jazyk výuky	angličtina
Kód	460-6025/02
Zkratka	ABI
Název předmětu česky	Algoritmy pro bioinformatiku
Název předmětu anglicky	Algorithms for Bioinformatics
Kreditů	10
Garantující katedra	Katedra informatiky
Garant předmětu	prof. RNDr. Václav Snášel, CSc.

Subject syllabus

• Podobnost sekvencí
• Suffixové stromy
• Zarovnání genomu a sladění více sekvencí
• Vyhledávání databází
• Rekonstrukce a srovnání fylogeneze
• Přeskupení genomu
• Hledání motivů
• Predikce sekundární struktury RNA
• Sekvenování peptidů
• Genetika populace
• BAM, BLAST a BLAT algoritmy
• Assembly, paired-end scaffolding algoritmy

Literature

• Sung, W. K. (2009). Algorithms in bioinformatics: A practical introduction. CRC Press.
• Compeau, Phillip, and Pavel Pevzner. Bioinformatics algorithms: an active learning approach. Vol. 1. La Jolla: Active Learning Publishers, 2015.
• Zvelebil, Marketa J., and Jeremy O. Baum. Understanding bioinformatics. Garland Science, 2007.

Advised literature

• M. Dorigo, T. Stützle, Ant Colony Optimization, MIT Press, Cambridge, MA, 2004.
• A. Engelbrecht, Computational Intelligence: An Introduction, 2nd Edition, Wiley, New York, NY, USA, 2007.

back to search page