Výpočetní genomika

Typ studia	doktorské
Jazyk výuky	čeština
Kód	460-6028/01
Zkratka	VG
Název předmětu česky	Výpočetní genomika
Název předmětu anglicky	Computational Genomics
Kreditů	10
Garantující katedra	Katedra informatiky
Garant předmětu	doc. MUDr. František Mrázek, Ph.D.

Subject syllabus

• genetika a genomika, historie lidské populace
• analýza vazby, asociační analýzy
• návrhy asociačních studií
• izolované/smíšené populace, populační substruktura, lidské strukturální variace
• statistické techniky pro srovnání frekvencí genových variant, měření genové exprese a aktivity transkripčních faktorů/regulačních molekul
• analýza vztahu mezi genovou variabilitou a fenotypovými projevy na molekulární úrovni
• modelové organismy a genotypizační technologie
• DNA sekvence – anotace, identifikace polymorfismů
• predikční modely
• analýza mapování
• přístupy pro přípravu sekvenačních knihoven
• zpracování a kontrola kvality dat

Literature

• Pevsner J. Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition (2015), Wiley-Blackwell, Hoboken, New Jersey
• Pierce B.A. Genetics: A Conceptual Approach, 5th Edition (2013) W. H. Freeman and Co., New York
• Cristianini N. Introduction to computational genomics (2012), Cambridge University Press
• Mount D. W. Bioinformatics - Genome and Sequence Analysis, 2nd Edition (2004), Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York

Advised literature

• Deonier R.C. et al. Computational Genome Analysis: An Introduction (2010), Springer, New York

back to search page