1. Úvod do environmentální mikrobiologie, základy ekologie mikroorganismů, vztahy mikroorganismů v ekosystému a ekologické faktory
2. Mikroorganismy jako indikátory kontaminace prostředí, extremofilní mikroorganismy
3. Taxonomie a systematika mikroorganismů; identifikace mikroorganismů z antropogenně kontaminovaného prostředí
4. Prokaryotní mikroorganismy: archaea a bakterie
5. Prokaryotní mikroorganismy: sinice
6. Eukaryotní mikroorganismy: mikroskopické řasy
7. Eukaryotní mikroorganismy: mikroskopické houby
8. Eukaryotní mikroorganismy: prvoci
9. Patogenní mikroorganismy v prostředí, toxicita mikroorganismů
10. Mikroorganismy v ovzduší – základy aeromikrobiologie
11. Mikrobiologie vody a mikrobiální indikátory hygienického významu
12. Půda jako prostředí mikroorganismů, půdní mikroorganismy jako indikátory antropogenního znečištění půd
13. Mikroorganismy a jejich environmentální význam v prostředí starých environmentálních zátěží
2. Mikroorganismy jako indikátory kontaminace prostředí, extremofilní mikroorganismy
3. Taxonomie a systematika mikroorganismů; identifikace mikroorganismů z antropogenně kontaminovaného prostředí
4. Prokaryotní mikroorganismy: archaea a bakterie
5. Prokaryotní mikroorganismy: sinice
6. Eukaryotní mikroorganismy: mikroskopické řasy
7. Eukaryotní mikroorganismy: mikroskopické houby
8. Eukaryotní mikroorganismy: prvoci
9. Patogenní mikroorganismy v prostředí, toxicita mikroorganismů
10. Mikroorganismy v ovzduší – základy aeromikrobiologie
11. Mikrobiologie vody a mikrobiální indikátory hygienického významu
12. Půda jako prostředí mikroorganismů, půdní mikroorganismy jako indikátory antropogenního znečištění půd
13. Mikroorganismy a jejich environmentální význam v prostředí starých environmentálních zátěží