1. Ekosystém, definice, složky, vlastnosti, proměny v čase; základní pojmy a příklady. Potravní vazby, trofické řetězce a sítě, regulace.
2. Koloběhy látek, biogeochemické cykly, metody studia bilance minerálních živin a jejich koloběhu v ekosystému. Obnova živin v ekosystémech, klíčová role dekompozice. Toky energie, produktivita ekosystému, přenos informací, regulace.
3. Dynamika ekosystému, aktivita ekosystému. Mezní činitelé, zákony minima a tolerance, ekologická nika.
4. Záření - modifikace slunečního záření, adaptace rostlin na záření, tepelná bilance, teploty rostlin, adaptace rostlin na teplotu, metody studia abiotických složek ekosystému - záření, teplota, vzdušná vlhkost, srážky, tepelná bilance.
5. Atmosféra, znečistění, vlivy znečistění na rostliny a společenstva.
6. Hydrologický cyklus, malý a velký koloběh vody, důsledky narušení cyklu odlesňováním, regulace toků a vliv přehradních těles. Bilance živin ve vodních společenstvech, koloběh C, N, S, P, Fe, Mn ve vodním prostředí, význam aerobních a anaerobních procesů
7. Pedosféra - význam rostlin pro tvorbu půd, vliv reliéfu na tvorbu půd, závislost rostlin na chemismu půd, principy výzkumu půd, fyzikální faktory, chemické faktory, cizorodé a škodlivé látky v půdě.
8. Struktura společenstva: společenstva a jejich složky; relativní abundance; potravní sítě; uspořádání společenstva; ekoton; kompetice a její vliv na vývoj struktury společenstev; plošková dynamika; saturovaná vs. nesaturovaná společenstva. Metaspolečenstvo.
9. Vývoj společenstev; typy a modely sukcese; primární vs. sekundární sukcese, příčiny, strukturální a energetické změny v průběhu sukcese; klimax; konvergence/divergence společenstev; koevoluce, struktura společenstev, ekologické pyramidy, trofické úrovně
10. Druhová diverzita vs. rozmanitost; heterogenita prostředí; alfa-, (beta-), gama- diverzita; diverzita a produkce, kompetice a proměnlivost prostředí, disturbance; "species-area" závislost; Rapoportovo pravidlo, teorie ostrovní biogeografie; ostrovní fenomény.
11. Bioindikace, biomonitoring, fenologie. Principy biodiagnostiky, bioindikace, ekologický monitoring, metody bioindikace, metody ekotoxikologie.
12. Člověk a životní prostředí. Klimatické adaptace - vliv teploty a vlhkosti vzduchu, složení vzduchu a záření. Kulturní aspekty klimatické adaptace. Člověk a biotické faktory prostředí. Ekopatologie. Zdravotní rizika ve vyspělých zemích.
13. Klasifikace ekosystémů s účastí člověka. Typy ekosystémů, formy hospodaření, energetické aspekty lidských ekosystémů. Problémy urbanizace. Synantropizace a synurbanizace rostlin a živočichů. Ekosystémové služby.
2. Koloběhy látek, biogeochemické cykly, metody studia bilance minerálních živin a jejich koloběhu v ekosystému. Obnova živin v ekosystémech, klíčová role dekompozice. Toky energie, produktivita ekosystému, přenos informací, regulace.
3. Dynamika ekosystému, aktivita ekosystému. Mezní činitelé, zákony minima a tolerance, ekologická nika.
4. Záření - modifikace slunečního záření, adaptace rostlin na záření, tepelná bilance, teploty rostlin, adaptace rostlin na teplotu, metody studia abiotických složek ekosystému - záření, teplota, vzdušná vlhkost, srážky, tepelná bilance.
5. Atmosféra, znečistění, vlivy znečistění na rostliny a společenstva.
6. Hydrologický cyklus, malý a velký koloběh vody, důsledky narušení cyklu odlesňováním, regulace toků a vliv přehradních těles. Bilance živin ve vodních společenstvech, koloběh C, N, S, P, Fe, Mn ve vodním prostředí, význam aerobních a anaerobních procesů
7. Pedosféra - význam rostlin pro tvorbu půd, vliv reliéfu na tvorbu půd, závislost rostlin na chemismu půd, principy výzkumu půd, fyzikální faktory, chemické faktory, cizorodé a škodlivé látky v půdě.
8. Struktura společenstva: společenstva a jejich složky; relativní abundance; potravní sítě; uspořádání společenstva; ekoton; kompetice a její vliv na vývoj struktury společenstev; plošková dynamika; saturovaná vs. nesaturovaná společenstva. Metaspolečenstvo.
9. Vývoj společenstev; typy a modely sukcese; primární vs. sekundární sukcese, příčiny, strukturální a energetické změny v průběhu sukcese; klimax; konvergence/divergence společenstev; koevoluce, struktura společenstev, ekologické pyramidy, trofické úrovně
10. Druhová diverzita vs. rozmanitost; heterogenita prostředí; alfa-, (beta-), gama- diverzita; diverzita a produkce, kompetice a proměnlivost prostředí, disturbance; "species-area" závislost; Rapoportovo pravidlo, teorie ostrovní biogeografie; ostrovní fenomény.
11. Bioindikace, biomonitoring, fenologie. Principy biodiagnostiky, bioindikace, ekologický monitoring, metody bioindikace, metody ekotoxikologie.
12. Člověk a životní prostředí. Klimatické adaptace - vliv teploty a vlhkosti vzduchu, složení vzduchu a záření. Kulturní aspekty klimatické adaptace. Člověk a biotické faktory prostředí. Ekopatologie. Zdravotní rizika ve vyspělých zemích.
13. Klasifikace ekosystémů s účastí člověka. Typy ekosystémů, formy hospodaření, energetické aspekty lidských ekosystémů. Problémy urbanizace. Synantropizace a synurbanizace rostlin a živočichů. Ekosystémové služby.