Univerzitní muzeum je organizačně začleněno pod útvar prorektora pro rozvoj a investiční výstavbu.
Poradním orgánem prorektora pro rozvoj a investiční výstavbu je Muzejní rada.
Předsedou Muzejní rady je prorektor pro rozvoj a investiční výstavbu doc. Ing. et Ing. František Kuda, CSc.