Univerzitní muzeum je organizačně začleněno pod útvar prorektora pro kvalitu a investiční výstavbu.
Poradním orgánem prorektora pro kvalitu a investiční výstavbu je Muzejní rada.
Předsedou Muzejní rady je prorektor pro kvalitu a investiční výstavbu prof. Ing. Radim Čajka, CSc..