Klíčovým prvkem pro zajištění efektivního využívání HPC infrastruktur je optimalizace výkonu a účinnosti aplikací. Centrum excelence zaměřené na optimalizaci výkonu a produktivity (CoE POP) bylo založeno v říjnu 2015 se základním cílem pomáhat široké komunitě vývojářů a uživatelů HPC aplikací ve vědeckých i průmyslových oblastech. Současný návrh projektu POP3 je postaven na 3 pilířích: služby, uživatelé a nástroje. Služby centra excelence se věnují analýze výkonnosti s cílem optimalizovat škálování kódu, identifikaci hlavních zdrojů neefektivity nebo zlepšení energetické účinnosti. POP3 zaměří pozornost na vlajkové lodě evropských HPC aplikací vyvíjené v dalších centrech excelence, zároveň bude i nadále poskytovat služby všem pravidelným uživatelům výpočetních prostředků i malým a středním podnikům.