Doktorandi studující v prezenční formě studia (bez ohledu na jazyk výuky) mohou po dobu standardní délky studia každý akademický rok podat žádost o doktorské stipendium. Od AR 2025/2026 se doktorské stipendium stává součástí tzv. doktorského studijního příjmu, který se může skládat z doktorského stipendia a části mzdy/platu (pouze HPP, nikoli DPP či DPČ) za práci související se vznikem jeho disertační práce (platí pro doktorandy zapsané po 1. 9. 2025). Minimální výše doktorského studijního příjmu je vázána na minimální mzdu a pro AR 2025/2026 činí 24 960 Kč/měsíčně. Stipendium se vyplácí zpětně.
Doktorandi zapsaní před 1. 9. 2025: pokud jim bylo stipendium již dříve přiznáno, pobírají jej nadále. Mohou však také podat žádost o „nové“ doktorské stipendium – pokud studují prezenčně, jsou ve standardní době studia a splňují podmínky Stipendijního řádu. Nezažádají-li, zůstává jim původní stipendium.